Bis Ende des 1. Weltkrieges waren die Jesuiten durch Bismarck in Deutschland verboten. Als dieses Verbot aufgehoben wurde, waren die Jesuiten, die bis dahin in Valkenburg in den Niederlanden, nahe der deutschen Grenze lebten und arbeiteten, bereit, auch in Frankfurt wieder tätig zu werden. Dies geschah an zwei Orten:
In Sachsenhausen eröffneten die Jesuiten die Philosophisch-theologische Hochschule Sankt Georgen an der Offenbacher Landstraße 224, wo heute noch Philosophie- und Theologiestudenten ausgebildet werden.
Im Westend Frankfurts wurde aus schon bestehenden Pfarreien ein Gebiet ausgegliedert und den Jesuiten als Pfarrvikariat für die Seelsorge übergeben.
Die erste Kirche stand Anfang der 30er Jahre »Im Trutz Frankfurt«. Noch heute sagen daher viele Gemeindemitglieder der Pfarrei, dass sie aus dem »Trutz« kommen. Die Jugendräume mit einer Disco im Keller des Ignatiushause tragen auch diesen Namen und erinnern an die Vergangenheit.
Die Kirche ist dem Gründer des Jesuitenordens, Ignatius von Loyola (1491-1556), geweiht. Anfang der 60er Jahre wurde das Gelände der neubarocken Kirche und des Jesuitenhauses an die damalige Metallgesellschaft verkauft. Ab 1962 wurde unter dem Architekten Gottfried Böhm eine neue Kirche in Beton am Gärtnerweg errichtet.
Am 17. Oktober 1964 wurde die Kirche eingeweiht und wenig später – zum 1. Dezember 1964 – erhob der Bischof von Limburg das Vikariat zu einer eigenen Pfarrei.
Auf dem gleichen Gelände entstanden in der Leerbachstr. 37 das neue Pfarrhaus und in der Elsheimerstr. 9 das Wohngebäude der Jesuiten. Mit der Sanierung des Ordenshauses wechselte das Pfarrbüro 2007 auch in Räume der Elsheimerstr. 9.
2007 ging St. Ignatius eine Fusion mit der Nachbargemeinde St. Antonius ein. Bald wurde jedoch schon eine größere Umstrukturierung bei allen Frankfurter Innenstadtkirchen beschlossen. Mit dem 1. Januar 2014 wurden diese alle gemeinsam Teil der Dompfarrei St. Bartholomäus. Sankt Ignatius bildet innerhalb dieser Großpfarrei einen Kirchort, der durch die Seelsorge und Präsenz der Jesuiten eine gewisse Eigenständigkeit innerhalb dieser Großpfarrei beibehält.
Im Ignatiushaus der Jesuiten leben heute 12 Jesuiten. Viele sind im Ruhestand, aber soweit es geht noch apostolisch tätig.